X-Meni to żyjący w przyszłości genetycznie zmienieni ludzie, którzy zamierzają zapanować nad światem. Ich szefem jest Magneto (Ian McKellen). W walce z nimi pomagają ludziom dobrzy mutanci pod przywództwem profesora X (Patrick Stewart), posiadającego niezwykłe zdolności telepatyczne. Niestety, są i tacy, którzy nie życzą sobie towarzystwa X-Menów. Powstała nawet silna partia założona przez senatora Kelly'ego, która zamierza ograniczyć ich prawa. Podstępny Magneto wykorzystuje walkę z X-Menami do własnych celów.
In a world where both Mutants and Humans fear each other, Marie D'Ancanto, better known as Rogue, runs away from home and hitches a ride with another mutant, known as Logan, a.k.a. Wolverine. Charles Xavier, who owns a school for young mutants, sends Storm and Cyclops to bring them back before it is too late. Magneto, who believes a war is approaching, has an evil plan in mind, and needs young Rogue to help him.
