Cztery małe żółwiki i szczur pod wpływem kontaktu z żelem zwanym Ooze mutują, rosną i chodzą jak ludzie. Szczur, który kiedyś obserwował wschodnie sztuki walki uczy żółwie jak walczyć i posługiwać się bronią. Wkrótce przyjdzie im wykorzystać swoje umiejętności. Miasto popada w ręcę bądziorów, wielu młodych ludzi zapisuje się do gangu, którego przywódcą jest niejaki Shredder (James Saito), dawny wróg szczura Splintera. Leonardo, Donatello, Michał Anioł oraz Rafaello decydują się z nim walczyć. Pomoc czterem zmutowanym żółwiom przyniesie dziennikarka: April O'Neal (Judith Hoag) oraz amatorski stróż prawa Casey Jones (Elias Koteas).
Four turtles and a rat are transformed into a humanized state by a mutagenetic gel in a sewer. The rat becomes their mentor, and teaches them all he knows regarding Jinjitsu. The turtles use their newfound skills to combat the crime in New York City. But when their mentor is captured by an enemy from the past, can they hold true to what they've learned, and stay together as a brotherhood?
