Jest połowa XXV wieku. Reszta ludzi, którzy ocaleli po epidemii morderczego wirusa, schroniła się w jednym ocalałym mieście, Bregnie. Rządząca kasta, złożona z naukowców, sprawuje rządy w okrutny i despotyczny sposób. Opiera się im garstka ludzi, wśród nich jest Aeon Flux (Charlize Theron), świetnie wyszkolona agentka podziemia. Po tym, jak agenci rządowi zamordowali jej rodzinę, poprzysięgła zemstę rządzącym. Teraz czeka ją niezwykle trudna misja - dostaje zadanie zgładzenia lidera Bregny, Trevora Goodchilda (Marton Csokas).
400 years in the future, set in the year 2415, Aeon Flux is a mysterious assassin. Four centuries after a virus nearly annihilated the human race, leaving only five million survivors in a utopian city called Bregna. Aeon is struggling to destroy the Goodchild regime led by its namesake, Trevor Goodchild, the ruler of Bregna and a descendant of the man who found a cure for the deadly virus. As instructed by the Handler, Aeon is assigned to assassinate Goodchild, but there are deeper secrets to be discovered, and conspiracies to be foiled.
